La estructura, es la forma de organización de las las áreas necesarias para la ejecución de todos los macroprocesos diseñados para la administración del servicio educativo en una secretaría certificada, con personal cualificado para asumir la ejecución de cada uno de los macroprocesos. El modelo presenta una organización balanceada de las áreas misionales y las de apoyo.

En términos generales, las Secretarías de Educación tienen en su estructura unas áreas de asesoría, asociadas al nivel directivo, como son (i) jurídica, (ii) inspección y vigilancia, y (iii) planeación, en el nivel directivo, y otras áreas que pertenecen al nivel operativo, como son calidad, cobertura y el área administrativa y financiera.

A partir de tres criterios, en el caso de las secretarías municipales, o de cuatro en el de las departamentales, el proyecto de modernización determina la tipología de la secretaría en cuestión, identifica las áreas críticas y trabaja en la definición de una propuesta de estructura. Tales criterios son: 

• Matrícula de estudiantes
• Recursos financieros
• Planta de personal docente y administrativo docente
• Municipios no certificados (en el caso de las departamentales)

Posteriormente, se valida esa propuesta con la secretaría, siempre teniendo en consideración las características puntuales que ésta tiene (por ejemplo, procesos a cargo de la Secretaría de Educación, procesos desarrollados por la entidad territorial) y contar con funcionarios de planta con su cargo definido y perfil requerido, en lugar de personal por contratación de servicios.

Una vez la Secretaría de Educación desarrolle los entregables del componente de estructura (Estructura Organizacional, Planta de Cargos, Manual de Funciones y costeo), la entidad valida con la Subdirección de Fortalecimiento Institucional del Ministerio de Educación Nacional la propuesta de estructura para la secretaría. Obtenido este aval, tiene lugar la siguiente fase, que consiste en la legalización de la estructura por parte de la Entidad Territorial, que se formaliza mediante la emisión de un decreto firmado por el alcalde o gobernador, o en ocasiones, un acuerdo u ordenanza, emanados del concejo municipal o asamblea departamental, respectivamente.

No obstante, esta última fase, a cargo de la entidad territorial, tiene a su vez unos pasos necesarios para que se pueda llegar a la implementación de la estructura validada por la secretaría con el Ministerio de Educación Nacional.  Así, el alcalde o gobernador:

(i) Adopta la estructura, mediante un acto administrativo.
(ii) Establece la planta de cargos que desarrollará esa estructura, con perfiles y manuales de funciones.
(iii) Provee la planta de cargos mediante nombramientos de gente en carrera administrativa. Cualquier novedad a esta planta necesita un permiso de la Comisión Nacional del Servicio Civil –CNSC-, órgano colegiado encargado de la administración y vigilancia del subsistema de administración de personal en el país.

Con la provisión de los cargos de carrera administrativa en cada una de las áreas, se fortalece la gestión de la secretaría y consecuentemente mejora la prestación del servicio educativo, evitándose los altibajos provocados por la alta rotación de personal que surgía como consecuencia de la alta rotación del personal contratado por prestación de servicios y se reducen reprocesos provocados por la eventual llegada de personal nuevo que desconociera los procesos.